DB-Server

Läuft der NAV 3.6 native DB auf Windows Server 2008 64-bit?

Nein. Wenn's laufen sollte, dann ist das eher Zufall, aber keinesfalls vom Hersteller supported. Siehe: http://blogs.msdn.com/german_nav_developer/archive/2009/10/13/zusammenfassung-der-betriebssysteme-die-von-microsoft-dynamics-nav-unterst-tzt-werden.aspx
Außerdem sollte man es tunlichst vermeiden 32bit Dienste auf 64bit Betriebssystemen auszuführen, das kann zu ungeahnten Fehlern führen.